Отсутствие авторитета отца в детские годы могло быть связано также с осознанием Леонардо религии. Так как он, являясь свободным исследователем природы, не был подвержен влиянию библейского учения, рассказывающего об истории сотворения мира и вычислял геологическое развитие земли, равно как и возникновение форм жизни за период в сотни тысяч лет, то не удивительно, что Леонардо опасался обвинений в неверии или по крайней мере задавал себе вопросы о своей вере в Христа, о чем поведал нам Вазари еще в первом издании своих «Жизнеописаний». Психоаналитическое исследование расценило это как сознательную критическую установку Леонардо по отношению к догмам христианства. Зигмунд Фрейд увидел в этом суть интимной связи между комплексом отца и верой в бога, где «личный бог психологически означал не что иное, как возвышенного отца». Этим он хотел объяснить, почему молодой человек зачастую теряет религиозную веру, и это происходит так скоро, как скоро распадается авторитет их отца. Таким образом, психоанализ признал, что корень религиозных потребностей находится в комплексе родителей, где, как пишет Фрейд, всемогущий для нас Бог и благосклонная природа проявляются в величественной сублимации отца и матери.

Зигмунд Фрейд пытался объяснить биологическую потребность в религиозности тем, что у маленького ребенка на длительный период возникает беспомощность и настоятельная необходимость в ней, и «если позже в действительности будет признана слабость или беспомощность против великих сил жизни, то он отождествит свое положение так, как мог бы пережить его в детстве, не испытывая печали, ища возможность отречься от безутешности с помощью регрессивного возобновления инфантильной защиты. Такой способ защиты от невротических заболеваний, гарантированный религиозной верой, легко объясняется тем, что родительский комплекс снимается с отдельного человека, так как сознание вины зависит как в целом, так и в отдельности от человечества, и для себя доводят до конца то, что, когда станут неверующими, должны справиться с задачей быть ко всему готовым самому». Что касается Леонардо, то он оберегал свои записи, из которых можно было определить его отношение к религии, что воспринималось как осуществляемая долгое время борьба с догматической религией. Об этом можно догадаться из его произведений, в которых он «лишил святые образы оставшейся части их церковной принадлежности и воплотил их в человеческое», и, по выражению Мутгера, воспроизвел бьющие через край настроения XV столетия, право человека на чувственность и радостное наслаждение жизнью.

Идентификация Леонардо со своим отцом в его художественном творчестве могла также сыграть определенную роль. Некоторые поклонники мастера, появившиеся позже, остаются просто беспомощными перед фактом, что многие произведения не были окончены. Это непостоянство ошибочно списывали на недостаток его характера. Но в переводе на язык психоанализа это значит, что он, творя в мучительной борьбе свои произведения искусства и затем относясь к ним безразлично, заботился об их дальнейшей судьбе так же, как позаботился некогда о нем отец. Возможно, что бессознательно существенную роль в этом сыграли вытесненные воспоминания детства. Но не будем забывать, что подобные попытки интерпретации упускают из виду утверждения автора о том, что некоторые его картины остались не такими уж незаконченными. А именно, создателю этих произведений искусства мерещится совершенство, которое невозможно увидеть собственными глазами, и поэтому он не хотел больше продолжать работу над картинами. Речь идет о сохранившихся набросках и рисунках, в которых бесчисленное количество раз варьируется изображение каждой детали. Различия, которые в своих вариантах были достаточны для всех его притязаний, должны были стать каждый раз преодолением сомнений, возникавших у него, и ликвидацией процессов торможения. В этой борьбе за совершенство проявился ставший притчей во языцех медлительнейший способ его работы, как например, трехлетний труд над знаменитой «Тайной вечерей» в миланском монастыре Санта-Мария делле Грацие или работа над портретом Моны Лизы, который он, как свидетельствует Вазари, рисовал на протяжении четырех лет «без возможности ее полного завершения». Впрочем, Вазари при этом забывает указать, что медлительность при работе над «Тайной вечерей», равно как и над «Битвой при Ангиари», была результатом неудачной попытки Леонардо применить технику рисования масляными красками «al fresco».

Характер Леонардо часто загадывал современникам различные загадки. Так, одной из сторон его была ярко выраженная неактивность и отсутствие агрессивности. Он постоянно пребывал в спокойном, уравновешенном состоянии души и старался избежать всеми возможными способами споров или враждебных отношений. Наделенный медвежьей силой, он был добродушным и мягким во всем человеком, даже если проявлял себя как дикое и хищное животное во время дискуссий. Он очень любил животных, их жизнь казалась ему святой, он предпочитал даже воздерживаться от мясной пищи. Что касается женщин, то нам известно, что он не позволял им распространять на него свое влияние. Он сопровождал в последний путь осужденных на смерть преступников и тщательно фиксировал любое изменение их мимики в своем альбоме для рисования. Такое странное сочетание добра и зла может быть объяснено только ненасытной жаждой исследований, в которых он не останавливался даже перед ужасающим видом рассеченных мертвых тел, когда при свете свечи проводил ночные вскрытия трупов, чтобы тщательно изучить каждую деталь человеческого тела. Видимо не зря назвали неутомимого исследователя Леонардо итальянским Фаустом!

Зигмунд Фрейд считает, что, по всей вероятности, эти чрезмерно сильные влечения в образе страстных желаний проявились еще в раннем детстве Леонардо, и он зафиксировал их господство посредством детских переживаний, изначально усиливая их силой сексуального влечения. Психоаналитические исследования свидетельствуют, что высокоодаренные дети примерно на третьем году жизни проходят фазу инфантильного сексуального познания и получают особенные, важнейшие переживания. Этот период сокрыт тягой интенсивных сексуальных вытеснений, так как они диктуют дальнейшие влечения в судьбе познающего и, как думает Фрейд, в зависимости от сексуальных интересов познающего в раннее время представляют три возможных варианта: «Исследовательское начало познающего разделяет судьбу сексуальности; страстные желания с этого времени остаются в угнетенном состоянии, а свобода умственной деятельности может быть ограничена в течение всей жизни. Это тип невротических торможений… Во втором типе интеллектуальное развитие проявляется достаточно сильно, чтобы противостоять мешающему сексуальному замещению. Спустя некоторое время после прекращения инфантильных сексуальных познаний, когда интеллект уже окреп… подавляемые сексуальные познания возвращаются из бессознательного в виде навязчивой склонности анализировать их. Здесь познание сексуальной деятельности приводит к чувству, часто единственному в своем роде, ясного и освобожденного осознания и занимает место сексуального удовлетворения… Третий, самый редкий и совершенный тип в силу особого предрасположения избегает сдерживания интеллектуального поиска, равно как и навязчивого влечения к анализу. Сексуальные влечения имеют место и здесь, но этого недостаточно, чтобы направить частичное влечение к сексуальному наслаждению в бессознательное и вопреки этому либидо избегает участи вытеснения и с самого начала сублимируется в любознательность. Здесь также познание до некоторой степени несет в себе давление и замещение сексуальной деятельности, но… характер их протекания не будет невротическими». Случай Леонардо, а именно — его чрезмерное влечение к исследовательской деятельности и неактивная сексуальная жизнь, Зигмунд Фрейд охарактеризовал как проявление классического третьего типа и увидел суть его тайны в том, что инфантильная деятельность любознательности была поставлена на службу сексуальных интересов, чтобы в большей своей части либидо могло сублимироваться в интеллектуальную деятельность.